La organización China Labor Watch dice que tres fábricas de Pegatron violan un "gran número de leyes y normas internacionales y chinas".
Éstas incluyen el trabajo de menores, incumplimiento de contratos y cantidad excesiva de horas de trabajo.
Tanto Apple como Pegatron dijeron que investigarían las denuncias de inmediato.
"Apple se compromete a ofrecer condiciones de trabajo seguras y justas en toda nuestra cadena de suministro", dijo la firma en un comunicado.
El presidente ejecutivo de Pegatron, Jason Cheng, dijo en un comunicado la empresa tomó las acusaciones "muy en serio".
Apple, una de las mayores empresas del mundo, ha tenido que enfrentar denuncias similares en el pasado cuando uno de sus principales proveedores, Foxconn, fue acusado de violar los derechos de los trabajadores.